Структуру органов местного самоуправления муниципального района «Балейский район» составляют:
Совет муниципального района «Балейский район»;
Глава муниципального района «Балейский район»;
Администрация муниципального района «Балейский район»;
Контрольно-счетная палата  муниципального района «Балейский район»